Донная флора подразделяется на макрофитобентос, который состоит из макрофитов (и морских покрытосеменных растений, красных, бурых и зеленых водорослей) и на микрофитобентос, который состоит из микрофитов (различных бактерий, диатомовых и синезелёных водорослей, а также грибов).Растительность Черного моря очень густо покрывает прибрежные скалы, подводные камни, песчано-ракушечное и илистое дно прибрежной зоны. Этот покров исчезает лишь в местах, которые являются неблагоприятными для произрастания растений. Талломы некоторых растений сплетаются таким образом, что могут формировать непрерывный слой, где водоросли довольно тесно взаимодействуют с отдельными группами обитающих здесь животных.
Растительный покров Черного моря достаточно разнообразен благодаря разновидности грунтов около побережья. Группировки или совокупности растений на одинаковых территориях принято называть фитоценозами.
Эти фитоценозы, однородные по экологии и структуре, объединяются в целые ассоциации. А ассоциации, сходные по составу, объединяются в формации. Группа формации — это морские травы или водоросли, общие для одного отдела. Потом идут классы формаций, которые представляют собой два типа растительности — морские травы и морские водоросли.
Кстати, нижняя граница расположения растительного покрова Черного моря опускается примерно до 90 метров.
Некоторые ученые считают, что бактерии — это отдельная группа, так называемый, бактериобентос. Бактерии располагаются на всех глубинах моря, но особенно их много на мелководье. Их количество от самой поверхности до нижней границы ила на дне уменьшается в тысячи раз. Например, уменьшается число аэробных бактерий.
Есть еще такое понятие как зообентос, куда входят представители всех групп животных.